parent
bb7976a5b5
commit
e4080bcb25
@ -1,489 +0,0 @@ |
|||||||
<template> |
|
||||||
<div class="column"> |
|
||||||
<div id="FeatureGraph2"></div> |
|
||||||
</div> |
|
||||||
</template> |
|
||||||
|
|
||||||
<script> |
|
||||||
import { EventBus } from '../main.js' |
|
||||||
import * as greadability from '../greadability.js' |
|
||||||
import * as d3Base from 'd3' |
|
||||||
|
|
||||||
// attach all d3 plugins to the d3 library |
|
||||||
const d3 = Object.assign(d3Base) |
|
||||||
|
|
||||||
export default { |
|
||||||
name: 'FeatureSpace2', |
|
||||||
data () { |
|
||||||
return { |
|
||||||
dataFS2: [], |
|
||||||
jsonData: [], |
|
||||||
} |
|
||||||
}, |
|
||||||
methods: { |
|
||||||
initializeNetwork () { |
|
||||||
|
|
||||||
var listofNodes = this.dataFS2[0] |
|
||||||
var dataLoc = JSON.parse(this.dataFS2[3]) |
|
||||||
|
|
||||||
var nodes = [] |
|
||||||
listofNodes.forEach(element => nodes.push({"name": element})) |
|
||||||
|
|
||||||
var links = [] |
|
||||||
|
|
||||||
Object.entries(dataLoc).forEach( |
|
||||||
function ([feature, value]) { |
|
||||||
Object.entries(value).forEach( function ([featureInside, value]) { |
|
||||||
if (feature != featureInside) { |
|
||||||
if (value >= 0) { |
|
||||||
links.push({"source": listofNodes.indexOf(feature), "target": listofNodes.indexOf(featureInside), "value": Math.abs(value) * 30, "group": 1}) |
|
||||||
} else { |
|
||||||
links.push({"source": listofNodes.indexOf(feature), "target": listofNodes.indexOf(featureInside), "value": Math.abs(value) * 30, "group": 2}) |
|
||||||
} |
|
||||||
} |
|
||||||
}) |
|
||||||
}) |
|
||||||
|
|
||||||
this.jsonData = {"nodes": nodes, "links": links}; |
|
||||||
|
|
||||||
this.graphVizualization() |
|
||||||
|
|
||||||
}, |
|
||||||
graphVizualization () { |
|
||||||
|
|
||||||
var listofNodes = this.dataFS2[0] |
|
||||||
var uniqueTarget = JSON.parse(this.dataFS2[15]) |
|
||||||
var corrTarget = JSON.parse(this.dataFS2[7]) |
|
||||||
var corrGlob = JSON.parse(this.dataFS2[11]) |
|
||||||
var VIFVar = JSON.parse(this.dataFS2[19]) |
|
||||||
var MIVar = JSON.parse(this.dataFS2[23]) |
|
||||||
|
|
||||||
var colorCateg = d3.scaleOrdinal(d3.schemeAccent) |
|
||||||
|
|
||||||
var corrTargetFormatted = [] |
|
||||||
for (let i = 0; i < Object.keys(corrTarget).length; i++) { |
|
||||||
var corrTargetFormattedLoc = [] |
|
||||||
for (let j = 0; j < Object.keys(corrTarget[i]).length; j++) { |
|
||||||
if (j > uniqueTarget.length - 1) { |
|
||||||
corrTargetFormattedLoc.push(Math.round(Object.values(corrTarget[i])[j] * 100)) |
|
||||||
} |
|
||||||
} |
|
||||||
corrTargetFormatted.push(corrTargetFormattedLoc) |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
var corrGlobFormatted = [] |
|
||||||
for (let i = 0; i < Object.keys(corrGlob).length; i++) { |
|
||||||
if (i != 0) { |
|
||||||
corrGlobFormatted.push(Math.round(Object.values(corrGlob)[i]['0'] * 100)) |
|
||||||
} |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
var VIFVarFormatted = [] |
|
||||||
for (let i = 0; i < Object.keys(VIFVar).length; i++) { |
|
||||||
if (i != 0) { |
|
||||||
if (Object.values(VIFVar)[i] > 10) { |
|
||||||
VIFVarFormatted.push(4) |
|
||||||
} else if (Object.values(VIFVar)[i] > 5) { |
|
||||||
VIFVarFormatted.push(2) |
|
||||||
} else { |
|
||||||
VIFVarFormatted.push(0) |
|
||||||
} |
|
||||||
} |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
function min(input) { |
|
||||||
if (toString.call(input) !== "[object Array]") |
|
||||||
return false; |
|
||||||
return Math.min.apply(null, input); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
function max(input) { |
|
||||||
if (toString.call(input) !== "[object Array]") |
|
||||||
return false; |
|
||||||
return Math.max.apply(null, input); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
function normalize(min, max) { |
|
||||||
var delta = max - min; |
|
||||||
return function (val) { |
|
||||||
return (val - min) / delta; |
|
||||||
}; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
var MIMin = min(MIVar) |
|
||||||
var MIMax = max(MIVar) |
|
||||||
|
|
||||||
MIVar = MIVar.map(normalize(MIMin, MIMax)) |
|
||||||
|
|
||||||
var colorsScaleNodes = d3.scaleLinear() |
|
||||||
.domain([MIMin, MIMax]) |
|
||||||
.range(['#a6bddb','#74a9cf','#3690c0','#0570b0','#045a8d','#023858']); |
|
||||||
|
|
||||||
var svg = d3.select("#FeatureGraph2"); |
|
||||||
svg.selectAll("*").remove(); |
|
||||||
|
|
||||||
var width = 800; |
|
||||||
var height = 500; |
|
||||||
|
|
||||||
var numTicks = 200; |
|
||||||
|
|
||||||
var selectedParams; |
|
||||||
var bestParams; |
|
||||||
|
|
||||||
var dispatch = d3.dispatch('layoutend'); |
|
||||||
|
|
||||||
svg = d3.select("#FeatureGraph2").append("svg") |
|
||||||
.attr("width", width) |
|
||||||
.attr("height", height); |
|
||||||
|
|
||||||
var graph = this.jsonData |
|
||||||
|
|
||||||
var link = svg.append('g') |
|
||||||
.attr('class', 'links') |
|
||||||
.selectAll('line') |
|
||||||
.data(graph.links) |
|
||||||
.enter().append('line') |
|
||||||
.attr("stroke-width", function(d) { return Math.sqrt(d.value); }); |
|
||||||
|
|
||||||
var node = svg.append('g') |
|
||||||
.attr('class', 'nodes') |
|
||||||
.selectAll('g') |
|
||||||
.data(graph.nodes) |
|
||||||
.enter().append('g') |
|
||||||
|
|
||||||
var paramGroups = [ |
|
||||||
{name: 'chargeStrength', values: [-30, -80]}, |
|
||||||
{name: 'linkDistance', values: [30, -80]}, |
|
||||||
{name: 'linkStrength', values: [0, 1]}, |
|
||||||
{name: 'gravity', values: [0, 0.5]}, |
|
||||||
{name: 'iterations', values: [1, 2]}, |
|
||||||
{name: 'alphaDecay', values: [0, 0.0228, 0.05]}, |
|
||||||
{name: 'velocityDecay', values: [0.4, 0.8]} |
|
||||||
]; |
|
||||||
|
|
||||||
var paramList = generateParams(paramGroups); |
|
||||||
|
|
||||||
var bestSoFar = d3.select('.best').selectAll('li') |
|
||||||
.data(paramGroups.map(function (d) { return d.name; })) |
|
||||||
.enter().append('li') |
|
||||||
.text(function (d) { return d; }); |
|
||||||
|
|
||||||
dispatch.on('layoutend', function (params, i) { |
|
||||||
if (!bestParams || params.graphReadability > bestParams.graphReadability) { |
|
||||||
bestParams = params; |
|
||||||
selectedParams = bestParams; |
|
||||||
|
|
||||||
bestSoFar |
|
||||||
.data(d3.map(bestParams).keys().filter(function (d) { return d !== 'positions' && d !== 'graphReadability'; })) |
|
||||||
.text(function (d) { return d + ' = ' + bestParams[d]; }); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
var i = 0; |
|
||||||
var stepper = d3.timer(function () { |
|
||||||
var p = paramList[i]; |
|
||||||
var forceSim = getForceSimFromParams(p); |
|
||||||
|
|
||||||
// Reset node attributes. |
|
||||||
graph.nodes.forEach(function (n) { |
|
||||||
n.x = n.y = n.vx = n.vy = 0; |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
forceSim.nodes(graph.nodes) |
|
||||||
.stop(); |
|
||||||
|
|
||||||
forceSim.force('link') |
|
||||||
.links(graph.links); |
|
||||||
|
|
||||||
for (var t = 0; t < numTicks; ++t) { |
|
||||||
forceSim.tick(); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
p.graphReadability = greadability.greadability(graph.nodes, graph.links); |
|
||||||
p.graphReadability = (p.graphReadability.crossing + p.graphReadability.crossingAngle + |
|
||||||
p.graphReadability.angularResolutionMin + p.graphReadability.angularResolutionDev) / 4 |
|
||||||
|
|
||||||
p.positions = graph.nodes.map(function (n) { return {x: n.x, y: n.y}; }); |
|
||||||
|
|
||||||
dispatch.call('layoutend', forceSim, p, i); |
|
||||||
|
|
||||||
++i; |
|
||||||
if (i >= paramList.length) { |
|
||||||
|
|
||||||
var widthLoc = 100; |
|
||||||
var arcSize = (6 * widthLoc / 100); |
|
||||||
var innerRadius = arcSize * 2; |
|
||||||
|
|
||||||
var svgLoc = node.append('svg').attr('width', widthLoc).attr('height', widthLoc) |
|
||||||
.attr("id", function(d, i) { return "svg" + (i+listofNodes.length); }) |
|
||||||
|
|
||||||
graph.nodes.forEach(function(itemVal, indexNode) { |
|
||||||
|
|
||||||
// var data = [[ |
|
||||||
// {value: 70, label: "", color: '#ff0000', lcolor: ''}, |
|
||||||
// {value: 33, label: "", color: '#00ff00', lcolor: ''}, |
|
||||||
// {value: 100, label: "44.5", color: '#000000', lcolor: 'black'} |
|
||||||
// ];] |
|
||||||
|
|
||||||
var data = [] |
|
||||||
|
|
||||||
for(let k = 0; k < uniqueTarget.length; k++) { |
|
||||||
data.push({value: corrTargetFormatted[k][indexNode], label: '', color: colorCateg(uniqueTarget[k]), lcolor: ''}) |
|
||||||
} |
|
||||||
var length = data.length |
|
||||||
data.push({value: 100, label: corrGlobFormatted[indexNode], color: '#000000', lcolor: colorsScaleNodes(MIVar[indexNode])}) |
|
||||||
var border = VIFVarFormatted[indexNode] |
|
||||||
|
|
||||||
var arcs = data.map(function (obj, i) { |
|
||||||
if (i == length) { |
|
||||||
return d3.arc().innerRadius(i * arcSize + innerRadius).outerRadius((i + 1) * arcSize - (widthLoc / 100) + innerRadius + border); |
|
||||||
} else { |
|
||||||
return d3.arc().innerRadius(i * arcSize + innerRadius).outerRadius((i + 1) * arcSize - (widthLoc / 100) + innerRadius); |
|
||||||
} |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
var arcsGrey = data.map(function (obj, i) { |
|
||||||
return d3.arc().innerRadius(i * arcSize + (innerRadius + ((arcSize / 2) - 2))).outerRadius((i + 1) * arcSize - ((arcSize / 2)) + (innerRadius)); |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
var pieData = data.map(function (obj, i) { |
|
||||||
return [ |
|
||||||
{value: obj.value, arc: arcs[i], object: obj}, |
|
||||||
{value: (100 - obj.value), arc: arcsGrey[i], object: obj}, |
|
||||||
{value: 0, arc: arcs[i], object: obj}]; |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
var pie = d3.pie().sort(null).value(function (d) { |
|
||||||
return d.value; |
|
||||||
}); |
|
||||||
var id = indexNode+listofNodes.length |
|
||||||
var g = d3.select('#svg'+id).selectAll('g').data(pieData).enter() |
|
||||||
.append('g') |
|
||||||
.attr('transform', 'translate(' + widthLoc / 2 + ',' + widthLoc / 2 + ') rotate(180)'); |
|
||||||
var gText = d3.select('#svg'+id).selectAll('g.textClass').data([{}]).enter() |
|
||||||
.append('g') |
|
||||||
.classed('textClass', true) |
|
||||||
.attr('transform', 'translate(' + widthLoc / 2 + ',' + widthLoc / 2 + ') rotate(180)'); |
|
||||||
|
|
||||||
g.selectAll('path').data(function (d) { |
|
||||||
return pie(d); |
|
||||||
}).enter().append('path') |
|
||||||
.attr('id', function (d, i) { |
|
||||||
if (i == 1) { |
|
||||||
return "Text" + d.data.object.label |
|
||||||
} |
|
||||||
}) |
|
||||||
.attr('d', function (d) { |
|
||||||
return d.data.arc(d); |
|
||||||
}).attr('fill', function (d, i) { |
|
||||||
return i == 0 ? d.data.object.color : i == 1 ? '#D3D3D3' : 'none'; |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
g.each(function (d, index) { |
|
||||||
|
|
||||||
var el = d3.select(this); |
|
||||||
var path = el.selectAll('path').each(function (r, i) { |
|
||||||
if (i === 1) { |
|
||||||
var centroid = r.data.arc.centroid({ |
|
||||||
startAngle: r.startAngle + 0.05, |
|
||||||
endAngle: r.startAngle + 0.001 + 0.05 |
|
||||||
}); |
|
||||||
var lableObj = r.data.object; |
|
||||||
g.append('text') |
|
||||||
.attr('font-size', ((2 * width) / 100)) |
|
||||||
.attr('dominant-baseline', 'central') |
|
||||||
.append("textPath") |
|
||||||
.attr("textLength", function (d, i) { |
|
||||||
return 0; |
|
||||||
}) |
|
||||||
.attr("startOffset", '5') |
|
||||||
.attr("dy", '-3em') |
|
||||||
.text(lableObj.value + '%'); |
|
||||||
} |
|
||||||
if (i === 0) { |
|
||||||
var centroidText = r.data.arc.centroid({ |
|
||||||
startAngle: r.startAngle, |
|
||||||
endAngle: r.startAngle |
|
||||||
}); |
|
||||||
var lableObj = r.data.object; |
|
||||||
gText.append('text') |
|
||||||
.attr('font-size', ((2 * width) / 100)) |
|
||||||
.text(lableObj.label) |
|
||||||
.style('fill', lableObj.lcolor) |
|
||||||
.attr('transform', "translate(" + (10) + "," + (0 + ") rotate(" + (180) + ")")) |
|
||||||
.attr('dominant-baseline', 'central'); |
|
||||||
} |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
}) |
|
||||||
|
|
||||||
var drag_handler = d3.drag() |
|
||||||
.on("start", drag_start) |
|
||||||
.on("drag", drag_drag) |
|
||||||
.on("end", drag_end); |
|
||||||
|
|
||||||
drag_handler(node); |
|
||||||
|
|
||||||
var labels = node.append("text") |
|
||||||
.text(function(d) { |
|
||||||
return d.name; |
|
||||||
}) |
|
||||||
.attr('x', 20) |
|
||||||
.attr('y', 8); |
|
||||||
|
|
||||||
node.append('title').text(function (d) { return d.name; }); |
|
||||||
|
|
||||||
//add zoom capabilities |
|
||||||
var zoom_handler = d3.zoom() |
|
||||||
.on("zoom", zoom_actions); |
|
||||||
|
|
||||||
zoom_handler(svg); |
|
||||||
|
|
||||||
drawGraph(); |
|
||||||
|
|
||||||
//Zoom functions |
|
||||||
function zoom_actions(){ |
|
||||||
svg.attr("transform", d3.event.transform) |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
function drag_start(d) { |
|
||||||
if (!d3.event.active) forceSim.alphaTarget(0.3).restart(); |
|
||||||
d.fx = d.x; |
|
||||||
d.fy = d.y; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
//make sure you can't drag the circle outside the box |
|
||||||
function drag_drag(d) { |
|
||||||
d.fx = d3.event.x; |
|
||||||
d.fy = d3.event.y; |
|
||||||
tickActions(); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
function drag_end(d) { |
|
||||||
if (!d3.event.active) forceSim.alphaTarget(0); |
|
||||||
d.fx = null; |
|
||||||
d.fy = null; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
stepper.stop(); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
function tickActions() { |
|
||||||
link |
|
||||||
.attr('x1', function (d) { return d.source.x; }) |
|
||||||
.attr('x2', function (d) { return d.target.x; }) |
|
||||||
.attr('y1', function (d) { return d.source.y; }) |
|
||||||
.attr('y2', function (d) { return d.target.y; }); |
|
||||||
|
|
||||||
node |
|
||||||
.attr("id", function(d, i) { return "g" + (i+listofNodes.length); }) |
|
||||||
.attr("transform", function(d, i) { |
|
||||||
d.x = d.x - 50 |
|
||||||
d.y = d.y - 50 |
|
||||||
return "translate(" + d.x + "," + d.y + ")"; |
|
||||||
}) |
|
||||||
}; |
|
||||||
|
|
||||||
function drawGraph () { |
|
||||||
graph.nodes.forEach(function (n, i) { |
|
||||||
n.x = selectedParams.positions[i].x; |
|
||||||
n.y = selectedParams.positions[i].y; |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
var xDistance = d3.extent(graph.nodes, function (n) { return n.x; }); |
|
||||||
var xMin = xDistance[0]; |
|
||||||
xDistance = xDistance[1] - xDistance[0]; |
|
||||||
|
|
||||||
var yDistance = d3.extent(graph.nodes, function (n) { return n.y; }); |
|
||||||
var yMin = yDistance[0]; |
|
||||||
yDistance = yDistance[1] - yDistance[0]; |
|
||||||
|
|
||||||
graph.nodes.forEach(function (n, i) { |
|
||||||
n.x = (height - 10) * (n.x - xMin) / Math.max(xDistance, yDistance); |
|
||||||
n.y = (height - 10) * (n.y - yMin) / Math.max(xDistance, yDistance); |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
xDistance = d3.extent(graph.nodes, function (n) { return n.x; }); |
|
||||||
var xMid = (xDistance[1] + xDistance[0]) / 2; |
|
||||||
yDistance = d3.extent(graph.nodes, function (n) { return n.y; }); |
|
||||||
var yMid = (yDistance[1] - yDistance[0]) / 2; |
|
||||||
|
|
||||||
graph.nodes.forEach(function (n, i) { |
|
||||||
n.x = n.x + width/2 - xMid; |
|
||||||
n.y = n.y + height/2 - yMid; |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
tickActions(); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
function generateParams (paramGroups, paramList, currParam) { |
|
||||||
var p = paramGroups[0]; |
|
||||||
|
|
||||||
if (!paramList) paramList = []; |
|
||||||
|
|
||||||
if (!currParam) currParam = {}; |
|
||||||
|
|
||||||
p.values.forEach(function (v) { |
|
||||||
var setting = {}; |
|
||||||
setting[p.name] = v; |
|
||||||
if (paramGroups.length === 1) { |
|
||||||
paramList.push(Object.assign(setting, currParam)); |
|
||||||
} else { |
|
||||||
generateParams(paramGroups.slice(1), paramList, Object.assign(setting, currParam)); |
|
||||||
} |
|
||||||
}); |
|
||||||
|
|
||||||
return paramList; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
function getForceSimFromParams (params) { |
|
||||||
var forceSim = d3.forceSimulation() |
|
||||||
.force('link', d3.forceLink().iterations(params.iterations)) |
|
||||||
.force('charge', d3.forceManyBody().strength(params.chargeStrength)) |
|
||||||
.force('x', d3.forceX(0).strength(params.gravity)) |
|
||||||
.force('y', d3.forceY(0).strength(params.gravity)) |
|
||||||
.force('center', d3.forceCenter(0, 0)) |
|
||||||
.alphaDecay(params.alphaDecay) |
|
||||||
.velocityDecay(params.velocityDecay); |
|
||||||
|
|
||||||
if (params.linkStrength !== null) { |
|
||||||
forceSim.force('link').strength(params.linkStrength); |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
return forceSim; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
}, |
|
||||||
reset () { |
|
||||||
var svg = d3.select("#FeatureGraph2"); |
|
||||||
svg.selectAll("*").remove(); |
|
||||||
}, |
|
||||||
}, |
|
||||||
mounted () { |
|
||||||
EventBus.$on('quad2', data => { this.dataFS2 = data }) |
|
||||||
EventBus.$on('quad2', this.initializeNetwork) |
|
||||||
} |
|
||||||
} |
|
||||||
</script> |
|
||||||
|
|
||||||
<style> |
|
||||||
|
|
||||||
text { |
|
||||||
font-family: sans-serif; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
svg { |
|
||||||
display: block; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
.column { |
|
||||||
float: left; |
|
||||||
margin: 0 10px; |
|
||||||
} |
|
||||||
|
|
||||||
</style> |
|
Loading…
Reference in new issue